Wisła Kraków Smuda po zakończeniu sezonu 1997/98 został trenerem Wisły Kraków. Jako trener krakowskiej Wisły Smuda zdobył w roku 1999 kolejny tytuł Mistrza Polski. W kolejnym sezonie Wisła została wyłączona przez UEFA z udziału w europejskich rozgrywkach w ramach kary za zranienie nożem przez kibica „Miśka” w meczu Pucharu UEFA z AC Parma włoskiego zawodnika Dino Baggio (20 października 1998 r.). We wrześniu 1999 roku, mimo udanego startu w nowym sezonie, po zaledwie jednej porażce, Smuda został zdymisjonowany ze stanowiska. mały|lewo|Franciszek Smuda jako trener Legii Warszawa
Legia Warszawa Wkrótce po odejściu z Wisły we wrześniu 1999 roku Smuda został zatrudniony w Legii Warszawa jako następca trenera Dariusza Kubickiego. Smuda nie osiągnął jednak sukcesów z Legią, nie udało mu wywalczyć w lidze miejsca premiowanego grą w europejskich pucharach w sezonie 1999/2000, a w rundzie wiosennej kolejnych rozgrywek, po pucharowej porażce 0:4 z Zagłębiem Lubin w marcu 2001 roku został zwolniony ze stanowiska.