Lech Poznań thumb|Smuda w czasie pracy w Lechu W maju 2006 roku objął funkcję trenera Lecha Poznań. W pierwszym sezonie pracy zdobył z klubem 6., a rok później 4. miejsce w lidze . Po zakończeniu sezonu 2007/2008 klub uzyskał promocję do Pucharu UEFA (dzięki rezygnacji Dyskobolii Grodzisk). Drużyna Franciszka Smudy wyeliminowała kolejno Xəzər Lenkoran, Grasshoppers Zurych oraz Austrię Wiedeń i awansowała do fazy grupowej. Tam Lech nie dał się pokonać drużynom AS Nancy (2:2) i Deportivo La Coruña (1:1), a po wygranym wyjazdowym meczu z Feyenoordem Rotterdam (1:0) zajął 3. miejsce w grupie i awansował do 1/16 finału Pucharu UEFA. Lech Poznań był pierwszą polską drużyną, która awansowała do tej fazy turnieju po wprowadzeniu rozgrywek grupowych. W 2009 roku sięgnął po swój pierwszy w karierze Puchar Polski, po zwycięstwie Lecha z Ruchem Chorzów w finale na Stadionie Śląskim (1:0). Sezon 2008/2009 Lech zakończył zajęciem trzeciego miejsca w Ekstraklasie. Jednocześnie Smuda nie przedłużył kontraktu z poznańskim klubem z powodów finansowych.