W wyniku wydarzeń politycznych na czoło panteonu wyszło dwóch małych, lokalnych bogów. Najpierw, za czasów Hammurabiego Enlila, boga Nippuru odsunął w cień bóg Babilonu – Marduk. Potem ten sam los spotkał jego, gdy w czasach supremacji Asyrii na najwyższe miejsce wyszedł bóg miasta Assur – wojowniczy i bezwzględny Assur. W tym czasie bogowie zmieniali nie tylko imiona i znaczenie, lecz i przymioty. Stało się tak, że okrutny Assur, przejmując cechy Marduka stał się ojcem bogów, panem przeznaczenia i złagodniał.
Nie brakowało też w panteonie bóstw żeńskich, a szczególnie rozpowszechniony był kult bogini-matki. Tak jak w innych kulturach, w Mezopotamii każdy bóg był patronem pewnych zjawisk bądź pojęć. Np. Nabu był bogiem mądrości, pisma i literatury, a Ninurta bogiem wojny, burzy i rolnictwa.