W II poł. XIX w. parafia fińska podjęła zbiórkę funduszy na budowę nowego kościoła, powstał też jego projekt, jednak nie zgromadzono odpowiedniej sumy pieniędzy i planowana świątynia w Dzielnicy Wyborskiej, niedaleko Dworca Fińskiego, nigdy nie powstała.
W końcu XIX w. fińska parafia ewangelicko-augsburska w stolicy Rosji liczyła ok. 17 tys. członków.
W grudniu 1938 r. władze radzieckie zamknęły kościół. Świątynię oraz parafialną kamienicę przekazano w użytkowanie Ermitażu. Kościół przebudowano na trójkondygnacyjny internat, w którym zamieszkiwali pracownicy muzeum. Do Ermitażu trafiły również elementy wyposażenia świątyni. W 1970 r. budowlę zaadaptowano na Dom Przyrody.
W 1990 r. część budynku została zwrócona Ewangelicko-Luterańskiemu Kościołowi Ingrii, który natychmiast przywrócił obiekt do użytku liturgicznego. W latach 1999-2002 kościół, który po latach nieużytkowania zgodnie z przeznaczeniem był w złym stanie technicznym, był remontowany. 19 maja 2002 r. kościół został powtórnie konsekrowany.