Kilkakrotnie wymieniany był jako potencjalny kandydat do objęcia funkcji trenera Legii Warszawa. W spekulacjach medialnych uważany był za faworyta szefów nowego właściciela warszawskiej drużyny – Grupy ITI. Stanowisko szkoleniowca Legii objął ostatecznie we wrześniu 2005 zastępując Jacka Zielińskiego, który został jego asystentem. Owocem jego pracy było zdobycie Mistrzostwa Polski w 2006. Sezon 2006/2007 nie był już tak udany dla Wdowczyka. Po porażce w eliminacjach do Ligi Mistrzów, odpadnięciu z Pucharu UEFA i Pucharu Polski oraz niepowodzeniach w lidze jego pozycja w Legii została zagrożona. W konsekwencji kolejnych nieudanych występów w rundzie wiosennej, 13 kwietnia 2007 został zwolniony ze stanowiska.
1 lipca 2007 objął obowiązki dyrektora ds. piłki nożnej w szkockim klubie Livingston F.C. 29 października 2007 podpisał kontrakt z drugoligową Polonią Warszawa. Pracował tam niecałe pół roku z powodu zatrzymania pod zarzutami korupcji. Po rozwiązaniu kontraktu z Polonią z dniem 15 kwietnia 2008, w lipcu został zatrudniony w czwartoligowej Koronie Góra Kalwaria, oficjalnie w charakterze konsultanta.