W 1939 roku znalazł się na terenach okupowanego przez III Rzeszę Protektoratu Czech i Moraw i jako osoba pochodzenia żydowskiego został pozbawiony majątku. 10 sierpnia 1942 roku wraz ze swoją żoną Gizelą (ur. 1923), będącą w zaawansowanej ciąży, został osadzony getcie na terenie obozu koncentracyjnego Theresienstadt w Terezinie. 19 września 1942 znalazł się wraz z żoną w transporcie, który wyjechał z Theresienstadt do obozu zagłady w Treblince, gdzie dotarł dwa dni później. Jego żona zginęła zaraz po przybyciu do obozu, zaś on sam prawdopodobnie dzięki aryjskiemu wyglądowi przeszedł selekcję i został skierowany do pracy przy sortowaniu odzieży.
Z relacji ocalałych więźniów wynika, iż Masárek w obozie ubierał się elegancko i taki ubiór dobierał także innym czeskim więźniom. Dzięki ubiorowi zarówno Masárek jak i inni czescy więźniowie wyróżniali się na tle innych więźniów i dzięki temu byli lepiej traktowani przez Niemców. W obozie, Masárek miał również zostać błędnie uznany za krewnego prezydenta Czechosłowacji Tomáša Masaryka.