Deklaracja Sergiusza nie przyniosła zamierzonych efektów; w czasie wielkiego terroru duchowieństwo prawosławne zostało poddane zmasowanym represjom, a struktury Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego niemal całkowicie unicestwione.
Polityka Stalina wobec Cerkwi uległa zmianie dopiero po agresji Niemiec na ZSRR w 1941. Władze radzieckie potrzebowały poparcia Kościoła, by mobilizować społeczeństwo w obronie kraju. Metropolita Sergiusz już 22 czerwca 1941 wystąpił z pierwszą odezwą do wiernych, apelując do nich o wszechstronne wspieranie wysiłku wojennego ZSRR. Kolejne takie apele kierował z Uljanowska, dokąd został w tym samym roku ewakuowany z Moskwy. We wrześniu 1943 Sergiusz wziął udział w spotkaniu ostatnich pozostających na wolności biskupów rosyjskich ze Stalinem, w czasie którego ten ostatni zgodził się na ponowne otwarcie cerkwi, szkół duchownych i monasterów, jak również na zwołanie soboru biskupów i wybór patriarchy. Sobór ten odbył się jeszcze w tym samym miesiącu i wybrał Sergiusza na patriarchę. Hierarcha do końca życia działał na rzecz odbudowy zniszczonych struktur cerkiewnych.