Klub rozformowano a piłkarzy przeniesiono do innych klubów.

Po śmierci Józefa Stalina jesienią 1953 roku klub został reaktywowany i w sezonie 1954 ponownie startował w Klasie A.

W latach 1957−1960 zespół nazywał się Centralny Sportowy Klub Ministerstwa Obrony (CSK MO), a w 1960 przyjął obecną nazwę CSKA.

Dopiero w 1970 roku klub zdobył kolejne Mistrzostwo ZSRR.mały|Igor Akinfiejew - klubowa legenda

W sezonie 1984 zajął ostatnie 18. miejsce i pożegnał się z Wyższą Ligą. Dwa kolejne lata klub spędził w Pierwszej Lidze, potem sezon w Wyższej Lidze, i następne dwa sezony w Pierwszej Lidze.

W 1990 klub powrócił do Wyższej Ligi i został wicemistrzem ZSRR, a w 1991 roku zdobył historyczne ostatnie Mistrzostwo ZSRR.

W 1992 roku CSKA startował w Mistrzostwach Rosji w Wyższej Lidze, jednak długi czas nie mógł zdobyć mistrzostwa Rosji.

W lutym 2001 roku piłkarski klub CSKA został przejęty przez obecnych właścicieli, Blue Castle Enterprises Ltd oraz OAO AWO-Kapitał. Część akcji należy do tzw. dużego CSKA. Nowi właściciele od razu zaczęli inwestować zarówno w skład, jak i bazę treningową.