Mykotoksykologia Połączenie praktyki lekarskiej i wiedzy mykologicznej predestynowało go do roli konsultanta praskich szpitali w przypadkach zatruć grzybami. Z zakresu mykotoksykologii opublikował (lub był współautorem) czterdziestu prac specjalistycznych poświęconych prawidłowej identyfikacji grzybów trujących i leczeniu samych zatruć. Wspólnie z J. Herinkiem opracowali metodę leczenia zatrucia muchomorem zielonawym, polegającą na podawaniu kwasu tioktowego (którego zastosowanie zaproponował J. Herink, a dawkowanie Kubička). W praktyce Kubička stosował tę terapię rozszerzoną o usuwanie toksyn z krwiobiegu odpowiednią metodą (np. wymuszoną diurezę, dializę otrzewnową, hemoperfuzję), usuwanie toksycznych pozostałości grzybów z przewodu pokarmowego za pomocą płukania żołądka i jelit, eliminację szkodliwych bakterii namnażających się w uszkodzonym przewodzie pokarmowym stosując antybiotyki i wspomagając organizm witaminą C. W 1968 r. J. Kubička i M. Svrček otrzymali nagrodę państwową za wybitne prace nad nową metodą leczenia zatrucia muchomorem zielonym.