2 września 2019 roku w Klubie WAT odbyła się inauguracja roku szkolnego z udziałem pierwszych 50 uczniów. Ze względu na trwający wtedy proces likwidacji gimnazjów było to 25 absolwentów gimnazjum oraz 25 absolwentów 8-letniej szkoły podstawowej w dwóch klasach o profilu matematyczno-informatycznym. W latach 2019–2020 budynek szkoły oraz internatu znajdował się przy ul. gen. Sylwestra Kaliskiego 25a. Od roku 2021 szkoła przeniesiona została do budynku przy ul. gen. Kaliskiego 29a zaś internat ul. gen. Kaliskiego 11a. Od roku 2024 szkoła przeniesiona została do nowoczesnego budynku dydaktycznego przy ul. gen. Sylwestra Kaliskiego 13a.https://woli.wp.mil.pl/szkola/aktualnosci/inauguracja-roku-szkolnego-w-woli/W roku szkolnym 2021/22 po raz pierwszy utworzono w WOLI klasę o profilu matematyczno-fizycznym.
8 października 2022 r. na pl. Piłsudskiego przed Grobem Nieznanego Żołnierza Minister Obrony Narodowej Mariusz Błaszczak przekazał na ręce dyrektor liceum sztandarhttps://www.wojsko-polskie.pl/wat/articles/aktualnosci-w/nadanie-sztandaru-wojskowemu-ogolnoksztalcacemu-liceum-informatycznemu/.
W 2023 otrzymało Medal „Milito Pro Christo”.