W 2001 roku następuje transfer do Feyenoordu, z którym osiągnął wielki sukces zdobywając w tymże sezonie 2001–2002 Puchar UEFA. Oba sezony w Feyenoordzie również obfitowały w bramki strzelone przez van Hooijdonka – 52 w 61 meczach. W lecie 2003 zostaje sprzedany za milion euro do tureckiego Fenerbahçe SK, gdzie przez dwa lata strzela 32 bramki w 52 meczach. Od sierpnia 2005 roku ten czarnoskóry napastnik był ponownie zawodnikiem NAC Breda, a w styczniu 2006 roku po raz drugi zatrudnił go Feyenoord, z którym zajął 3. miejsce w Eredivisie. Van Hooijdonk słynie nie tylko z bardzo dobrego wykończenia akcji, ale także ze świetnie wykonywanych stałych fragmentów gry, a przede wszystkim strzałów z rzutów wolnych. W roku 2007 podjął decyzję o zakończeniu kariery.
W reprezentacji Holandii zadebiutował 14 grudnia 1994 roku w wygranym 5-0 meczu z Luksemburgiem. W kadrze zagrał 46 razy i strzelił 14 bramek. Obecnie coraz starszy van Hooijdonk już nie gra w reprezentacji, z którą wystąpił MŚ w 1998(4. Miejsce) oraz Euro 2000 i Euro 2004(Półfinał).