W lutym 2022 roku został szefem organizacji, zastępując Igora Kalapina.
10 czerwca 2022 roku Ministerstwo Sprawiedliwości Federacji Rosyjskiej wpisało „Komitet Przeciwko Torturom” do rejestru organizacji społecznych, które nie są prawnymi osobami i pełnią funkcję agenta obcego. 11 czerwca 2022 roku organizacja została zlikwidowana jednogłośnie przez ogólne zgromadzenie członków Międzyregionalnej Organizacji Społecznej „Komitet Przeciwko Torturom”. 12 czerwca 2022 roku powstała Międzyregionalna Organizacja Społeczna „Zespół Przeciwko Torturom”, której członkowie kontynuowali pracę nad sprawami, które wcześniej były prowadzone przez Komitet Przeciwko Torturom. Siergiej Babiniec został wybrany na przewodniczącego „Zespołu”.
Siergiej Babiniec wielokrotnie uczestniczył w monitoringu protestów w Orenburgu w celu dokumentowania możliwych naruszeń praw człowieka.
Praca na Północnym Kaukazie W okresie od grudnia 2011 roku do września 2022 roku wielokrotnie brał udział w pracy Ogólnej Mobilnej Grupy Rosyjskich Organizacji Obrony Praw Człowieka w Republice Czeczeńskiej, a później w pracy filii Północnokaukaskiego Oddziału Miejskiej Organizacji Społecznej „Komitet Przeciwko Torturom”, łącznie spędzając na Północnym Kaukazie ponad rok.