Szacuje się, że na przełomie czerwca i lipca 1941 roku Niemcy zamordowali w Białymstoku od 6,5 do 7 tys. Żydów. 1 sierpnia tegoż roku pozostający w mieście Żydzi, w liczbie około 43 tys., zostali zamknięci w nowo utworzonym getcie.
Preludium Według danych z 1936 roku w Białymstoku zamieszkiwało 44 482 Żydów. Stanowili oni blisko 45% ludności miasta. We wrześniu 1939 roku Białystok znalazł się przejściowo pod niemiecką okupacją. 15 września, tj. w dniu wkroczenia wojsk niemieckich do miasta, żołnierze Brygady Fortecznej „Lötzen” rozstrzelali 11 mężczyzn, w tym 6 Żydów. Kolejnych dwóch Żydów zginęło z rąk Niemców w kolejnych dniach. Wielu uwięziono w obozie przejściowym, który Niemcy zorganizowali w gmachu Szkoły Podstawowej nr 1 przy ul. Ogrodowej. 20 września w obozie pojawili się funkcjonariusze Einsatzgruppe IV, którzy z powodu rzekomego „nieposłuszeństwa” zamordowali 8 więźniów, w tym dwóch Żydów.
Niemcy wycofali się po tygodniu, ustępując miejsca Armii Czerwonej. Podczas dwuletniej okupacji sowieckiej liczba żydowskich mieszkańców wzrosła do około 50 tys., przede wszystkim na skutek napływu uchodźców z niemieckiej strefy okupacyjnej.