Europejskie trofea 14 maja 2008 Zenit zdobył po raz pierwszy w historii Puchar UEFA po pokonaniu Glasgow Rangers 2:0 w finałowym spotkaniu rozegranym na City of Manchester Stadium. Bramki dla Zenitu w tym spotkaniu strzelili Igor Denisow i Konstantin Zyrianow. Zenit na swojej drodze po puchar, wyeliminował też m.in. Bayer Leverkusen i Bayern Monachium. Nad tymi drugimi Zenit zanotował efektowne zwycięstwo (4:1), co nie umknęło uwadze ekspertów stawiających Petersburżan w roli faworytów finału rozgrywek.
Puchar UEFA 2007/08
29 sierpnia 2008, w spotkaniu rozgrywanym na Stadionie Ludwika II w Monako, Zenit zwyciężył 2:1 angielski Manchester United, zdobywając tym sposobem swoje drugie europejskie trofeum – Superpuchar Europy.
Superpuchar Europy 2008
Szukanie nowego W grudniu 2009 roku klub objął włoski trener Luciano Spalletti. W 2012, po zdobyciu drugiego mistrzostwa kraju, dyrekcja klubu zdecydowała się na rekordowe zakupy. Za rekordową kwotę, 50 mln euro do Zenitu dołączył Brazylijczyk Hulk oraz Belgijski pomocnik Axel Witsel. Wzmocnienia te, nie przełożyły się na poprawę wyników gry zespołu, co doprowadziło do zwolnienia w styczniu 2014 roku Luciano Spallettiego z funkcji pierwszego trenera. Na jego następcę, w marcu 2014 r.