miejscu za CSKA Moskwa i FK Rostów, co poskutkowało brakiem kwalifikacji do przyszłorocznych rozgrywek Ligi Mistrzów.
Zgodnie z zapowiedziami po sezonie z zespołem rozstał się Andre Villas Boas, a jego następcą ogłoszono byłego trenera Szachtara Donieck – Mirceę Lucescu. Już na początku pracy rumuński szkoleniowiec wywalczył swoje pierwsze trofeum. W lipcu 2016 roku w meczu o Superpuchar Rosji Zenit pokonał CSKA 1:0. W Lidze Europy, jesienią, wszystko przebiegało zgodnie z planem, Zenit wygrał rywalizację w swojej grupie. W październiku 2016 zespół został wyeliminowany z rozgrywek Pucharu Rosji po porażce 0:4 w meczu przeciwko Anży Machaczkała. Wiosna natomiast była serią rozczarowań dla rosyjskiej ekipy, bowiem w 1/16 finału Ligi Europy zostali wyeliminowani przez RSC Anderlecht, dodatkowo sezon ligowy ukończyli na 3. miejscu, co oznaczało, że po raz drugi z rzędu nie zagrają w rozgrywkach Ligi Mistrzów.