20 lutego 2015 ppłk. Krzysztof Knut będąc na stanowisku szefa Oddziału Zaangażowania Międzynarodowego i Operacji Lądowych został pożegnany przez gen. broni Marka Tomaszyckiego, po czym objął stanowisko szefa Wydziału Operacyjnego G-3 w Dowództwie 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej. W 2016 został skierowany na Wyższy Kurs Operacyjno–Strategiczny w Akademii Sztuki Wojennej. 18 listopada 2016 w Warszawie w siedzibie Ministerstwa Obrony Narodowej otrzymał nominację od ministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza na stanowisko Szefa Zarządu Działań Niekinetycznych J-9 w Dowództwie Generalnym RSZ w Warszawie. Następnie został skierowany do Elbląga, gdzie objął stanowisko zastępcy Szefa Sztabu ds. Wsparcia Dowództwa Wielonarodowej Dywizji Północny – Wschód, która w 2018 uzyskała pozytywną ocenę w czasie certyfikacji CREVAL. W okresie tym ukończył studia podyplomowe na kierunku polityka obronna w Akademii Sztuki Wojennej oraz uczestniczył w wielu kursach w ośrodkach szkolenia NATO. Następnie został wyznaczony na stanowisko Głównego Specjalisty Zarządu Planowania i Programowania Rozwoju SZ P-5 w SG WP.