Jednostki organizacyjne mały|Biurowiec Atrium Katedra przy ul. Wyszyńskiego, jedna z byłych siedzib urzędu mały|Widok na siedzibę główną z Pazimu Urzędem kieruje marszałek województwa przy pomocy sekretarza województwa – dyrektora urzędu marszałkowskiego. Merytoryczny nadzór nad realizacją zadań przypisanych poszczególnym wydziałom i innym jednostkom sprawują właściwi członkowie zarządu zgodnie z określonym podziałem kompetencji. Za sprawne funkcjonowanie służb finansowo-księgowych oraz prawidłowe wykonywanie planu finansowego urzędu odpowiada skarbnik województwa.
Wydziały Wydział Prezydialny Gabinet Marszałka Wydział Organizacji i Rozwoju Zasobów Ludzkich Wydział Administracyjny Wydział Finansów i Budżetu Wydział Edukacji i Sportu Wydział Ochrony Środowiska Wydział Inwestycji i Nieruchomości Wydział Kultury i Dziedzictwa Narodowego Wydział Współpracy Terytorialnej i Turystyki Wydział Funduszy Europejskich Wydział Zarządzania Strategicznego Wydział Zdrowia Wydział Rolnictwa i Rybactwa Wydział Programów Rozwoju Obszarów Wiejskich Wydział Współpracy Społecznej Wydział Bezpieczeństwa i Ochrony Informacji Niejawnych Wydział Infrastruktury i Transportu Wydział Społeczeństwa Informacyjnego i Informatyki Centrum Inicjatyw Gospodarczych Regionalny Ośrodek Polityki Społecznej