Pieter Omtzigt zyskiwał osobistą popularność, w tym dzięki udziałowi w ujawnieniu tzw. afery zasiłkowej, która przyczyniła się do dymisji współtworzonego przez CDA trzeciego rządu Marka Ruttego. Wcześniej w 2020 ubiegał się o przywództwo w Apelu Chrześcijańsko-Demokratycznego. Otrzymał ponad 49% głosów, pokonał go wówczas Hugo de Jonge. Gdy ten ostatni zrezygnował z liderowania partii, Pieter Omtzigt nie otrzymał propozycji objęcia tej funkcji (kierownictwo CDA przejął wówczas Wopke Hoekstra).

W 2021 po raz kolejny uzyskał mandat poselski. W trakcie rozmów koalicyjnych nad utworzeniem nowego rządu kontrowersje wywołało zdjęcie zrobione jednej z negocjatorek. Uwidoczniono na nim dokument, w których nazwisko Pietera Omtzigta pojawiło się obok słów „stanowisko gdzie indziej”. W czerwcu 2021 wyciekła notatka, w której polityk ostro krytykował sposób, w jaki był traktowany w partii; zarzucał m.in., że członkowie CDA określają go w rozmowach jako psychopatę. W tym samym miesiącu zrezygnował z członkostwa w Apelu Chrześcijańsko-Demokratycznym. Pozostał posłem niezrzeszonym, przy czym od czerwca do września 2021 z przyczyn zdrowotnych nie wykonywał mandatu (zastępował go Henri Bontenbal).