Niemniej półfinał tych drugich rozgrywek to najdalsza runda europejskich rozgrywek, do jakiej ten klub zdołał dobrnąć w czasach poradzieckich. W sezonie 1997 Dinamo ponownie stanęło na ligowym podium, wyprzedzone jedynie przez Spartak i Rotor. W finale rozgrywek pucharowych Dinamowcy przegrali wówczas 0:2 z Lokomotiwem.
2000–2010 thumb|Zenit Petersburg – Dinamo, 2006. Na początku XXI wieku klub pozyskał nowych sponsorów, co umożliwiło rozwój i kupno wielu nowych zawodników. Wyniki odbiegały jednak od oczekiwań, szczególnie w latach 2004 i 2006, kiedy to zajmował odległe ligowe miejsca. W 2007 roku sytuacja się poprawiła, a Dinamowcy ukończyli sezon jako szósta drużyna kraju, dochodząc też do ćwierćfinału rozgrywek pucharowych. Z początkiem 2008 nowym sponsorem klubu został miliarder Aliszer Usmanow, właściciel holdingu Metalloinvest oraz kilku innych dużych podmiotów gospodarczych. Spowodowało to, że przed sezonem 2008 drużyna z Moskwy była wymieniana jako kandydat do mistrzostwa. Biało-Niebiescy zakończyli ten sezon na trzecim miejscu, co dało im możliwość gry w eliminacjach Ligi Mistrzów UEFA. Dinamowcy wygrali tam 1:0 z Celtic F.C. w Glasgow po bramce Aleksandra Kokorina, jednak porażka 0:2 w rewanżu oznaczała awans szkotów do następnej rundy.