Spadek nie oznaczał poprawy sytuacji klubu, który miał problemy finansowe, które wiązały się m.in. z przelotami na mecze do Królewca czy Chabarowska. Ostatecznie forma piłkarska pozostawiała nadzieje w związku z zajęciem szóstego miejsca na finiszu rozgrywek. Początek kolejnego sezonu i porażka 0:1 z Nostą Nowotroick była początkiem walki o zajęcie miejsca gwarantującego pozostanie w Pierwszej Dywizji. Reformy ligi sprawiły, że z zaplecza najwyższej klasy rozgrywkowej w Rosji miało spaść siedem, a nie pięć zespołów, jak pierwotnie ustalano. Torpedo po wygraniu zaledwie trzech meczów z pierwszych osiemnastu było poważnie zagrożone spadkiem, którego ostatecznie nie uniknęło. 6 listopada 2008 roku Torpedowcy ulegli Witiaziowi Podolsk 2:4 i po raz pierwszy zostali zdegradowani do rosyjskiej Drugiej Dywizji. Zespół zgromadził 49 punktów i zajął 18. miejsce po 42 seriach spotkań. Do bezpiecznej strefy i piętnastego miejsca zabrakło mu ośmiu punktów.
W 2009 roku zespół miał nie występować w żadnej profesjonalnej klasie rozgrywkowej. Nowi właściciele Torpedo podjęli jednak decyzję o apelacji i ta miała miejsce 3 kwietnia.