Walka Gracz jest atakowany przez rdzenną faunę planety – rasę opancerzonych owadów – która staje się coraz bardziej agresywna w miarę wzrostu emisji zanieczyszczeń wytwarzanych przez fabrykę gracza. Rozwój fabryki musi więc odbywać się w sposób zrównoważony, aby nadmierne zanieczyszczenia nie wabiły rozgniewanych przeciwników.
Do obrony gracz może użyć m.in. osobistej broni palnej, automatycznych wieżyczek obronnych, czołgów i autonomicznych robotów. W miarę postępów w grze wrogowie ewoluują i stają się coraz trudniejsi do pokonania, wymuszając coraz bardziej zaawansowane narzędzia.
Gra pozwala na włączenie trybu „pokojowego”, w którym fauna nie jest agresywna do czasu aż sama nie zostanie zaatakowana.
Tryb wieloosobowy Tryb wieloosobowy umożliwia wspólną grę na jednej mapie w sieci LAN i przez Internet.
Factorio: Space Age Jest to płatne DLC rozszerzające świat i mechaniki do głównej wersji gry. Motywem przewodnim jest eksploracja samego kosmosu oraz dostępnych planet. W tym trybie wysłanie rakiety na orbitę nie kończy gry tylko jest pierwszym krokiem w celu zbudowania platform kosmicznych, które umożliwią graczowi przemierzanie kosmosu oraz udanie się na inne planety.
Bez modów gracz ma do dyspozycji 5 planet: