W przypadku większych zgromadzeń modlitwy odbywały się na świeżym powietrzu.
Do 1949 roku utworzono komitet do spraw budowy nowego narodowego meczetu, jako miejsce jego lokalizacji wskazując obszar w centrum miasta, u ujścia rzeki do rzeki Brunei. Architektem zatrudnionym do wykonania projektu budowli był Włoch , który podczas prac miał wykorzystać szkic sporządzony rzekomo przez samego sułtana. Szczegółowy plan architektoniczny przygotowało malezyjskie biuro architektoniczne we współpracy z firmą konsultingową Steen, Sehested and Partners z Singapuru.
thumb|left|Barka ceremonialna na sztucznej lagunie przed meczetem (2014) Prace nad budową meczetu rozpoczęły się 4 lutego 1954 roku i trwały 4 lata. Budynek uroczyście oddano do użytku 27 września 1958 roku w ramach obchodów 42. urodzin sułtana Omara Alego Saifuddiena III, na cześć którego obiekt został nazwany. Koszt jego budowy wyniósł między 7,7 a 9,2 mln lub nawet 10 mln dolarów brunejskich.
W 1967 roku na sztucznej lagunie otaczającej meczet wybudowano barkę ceremonialną będącą repliką XVI‑wiecznej barki Mahligai sułtana .