W marcu 2022 r. Joe Fedewa pisząc dla portalu How-To Geek zwrócił uwagę na to, że aplikacje i usługi Google nie zostały dołączone do systemu ze względu na obawy dotyczące prywatności, oraz że GrapheneOS nie zawiera domyślnego sklepu z aplikacjami. Zamiast tego, jak zasugerował Fedewa, można zainstalować sklep F-Droid z aplikacjami z otwartym źródłem.
W recenzji GrapheneOS zainstalowanego na smartfonie Pixel 3, po tygodniu użytkowania Jonathan Lamont z MobileSyrup stwierdził, że GrapheneOS demonstruje jak bardzo system Android jest zależny od Google. Nazwał proces instalacji GrapheneOS „prostym” i doszedł do wniosku, że ogólnie podoba mu się GrapheneOS, ale skrytykował doświadczenie pracy z nim jako „często nie tak płynne, jak korzystanie z niezmodyfikowanego Pixela lub iPhone’a”. Swoje doświadczenia przypisuje swojemu „nadmiernemu poleganiu na aplikacjach Google” oraz braku niektórych „inteligentnych” funkcji w domyślnych aplikacjach klawiatury i aparatu w porównaniu z oprogramowaniem Google.