Jednak pod koniec sezonu 1991/92 spór z Walijskim Związkiem Piłki Nożnej doprowadził do dwóch rozwiązań: klub miałby przyłączyć się do nowo utworzonej Ligi Walii lub zaprzestać występować w Walii. W rezultacie klub rozpoczął nowy sezon grając na Drill Field w Northwich, zanim przeniósł się na stadion Ellesmere Port w Ellesmere Port. Nakaz sądowy pozwolił klubowi na powrót do rozgrywania meczów u siebie w Colwyn Bay w 1994 roku, zanim sprawa została wygrana w Wysokim Trybunale Sprawiedliwości w kwietniu 1995 roku.
W sezonie 1995/96 klub osiągnął największy sukces w Pucharze Anglii, w drugiej rundzie przegrywając 0:2 z Blackpool F.C. Na szóstym poziomie angielskiej piramidy piłkarskiej występował do końca sezonu 2002/03, kiedy to spadł do Northern Premier League Division 1. W sezonie 2004/05 dywizja została obniżona do poziomu 8. W sezonach 2006/07 i 2008/09 klub zakwalifikował się do baraży o awans, w których przegrywał w półfinale. Restrukturyzacja ligi doprowadziła do umieszczenia klubu w grupie południowej w sezonie 2007/08, a w następnym sezonie został przeniesiony do grupy północnej.