Kolejne lata Daczyńscy spędzili w Zakopanem. 25 marca 1923 roku zmarła żona Stefania. Malarz przeprowadził się do Krakowa, gdzie zmarł 11 sierpnia 1941 roku. Pogrzeb odbył się 13 sierpnia 1941 roku, najprawdopodobniej na Cmentarzu Rakowickim, gdzie zachował się grób żony Stefani Daczyńskiej.

W Bibliotece Jagiellońskiej zachowała się korespondencja Daczyńskiego do Waleriana Krycińskiego i Seweryna Böhma. Malarz prowadził też pamiętnik, który nie został jednak odnaleziony.

Twórczość Obrazy i prace Stanisława Daczyńskiego, przedstawiające sceny historyczne, z polowań, rodzajowe, m.in. z Huculszczyzny i Pokucia, a także portrety, znajdują się w zbiorach muzealnych i kolekcjach prywatnych. W Pamiętniku Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie 1854–1904, wydanym w 1905 roku, odnotowane zostały, wystawione w Krakowie w 1884 roku: Branki (epizod z najazdów tatarskich w XVII.