jednocześnie zlikwidowano Zespół Szkół nr 2, powołując w jego miejsce Szkołę Podstawową nr 2. Uczniowie dotychczasowej szkoły podstawowej nr 1 zmuszeni byli do zmiany placówki edukacyjnej, podobnie jak uczniowie gimnazjum z Zespołu Szkół nr 2.
Zmiany wywołały niezadowolenie wśród mieszkańców gminy, m.in. ze względu na konieczność pokonywania przez uczniów w drodze do szkoły ruchliwej drogi krajowej 92 (przebiegającej przez centrum miasta). W reakcji na reformę 2 września 2012 zorganizowane zostało referendum, wskutek którego odwołano burmistrza miasta i gminyhttps://kolo.naszemiasto.pl/burmistrz-klodawy-odwolany/ar/c1-1525591.
29 sierpnia 2014 uchwałą Rady Miejskiej w Kłodawie nadano szkole imię Świętego Jana Pawła II. 15 września 2014 miała miejsce uroczystość nadania imienia, w której uczestniczyli m.in. Wiesław Mering, biskup włocławski i Ireneusz Niewiarowski, senator RP.
We wrześniu 2017 przeprowadzona została reforma edukacyjna, na mocy której zlikwidowano gimnazja. Gimnazjum nr 1 w Kłodawie wygaszono i przekształcono w Szkołę Podstawową nr 1 w Kłodawie, utrzymując imię Świętego Jana Pawła II.