Za pierwszym podejściem klubowi z Rostowa nad Donem nie udało się utrzymać wśród najsilniejszych i w 1993 Rostsielmasz spadł do Pierwszej Dywizji. Jednak już po roku klub wrócił do Premier Ligi, gdzie najwyższe miejsce, szóste, zajął w 1998 roku. W 1999 został zgłoszony przez rosyjską federację do gry w Pucharze Intertoto, w którym odpadł dopiero w 3. rundzie, wyeliminowany przez Juventus F.C. W kolejnym roku, także w Pucharze Intertoto Rostsielmasz został pokonany przez AJ Auxerre.
W 2003 klub zmienił nazwę na FK Rostów. W tymże roku udało się klubowi dojść do finału Pucharu Rosji, gdzie uległ Spartakowi Moskwa. W sezonie 2004 drużyna zajęła dopiero 12. miejsce. W sezonie 2005 długo okupowała ostatnie miejsce, jednak wieść o przejęciu klubu przez firmę „Argofen” tak podziałała na graczy, że wygrali 6 z ostatnich 10 meczów i uchronili Premier Ligę dla Rostowa.
Sukcesy Zdobywca Pucharu Rosji: 2014 Czwarte miejsce w Pierwszej Lidze ZSRR: 1991 Drugie miejsce w Rosyjskiej Premier Lidze: 2016 1/16 finału Pucharu ZSRR: 1954, 1987
Obecny skład Stan na 1 kwietnia 2021
Europejskie puchary