Podczas okupacji niemieckiej gmach zajął Wehrmacht. 21 stycznia 1945 kwaterował tam oddział specjalny, którego zadaniem było zniszczenie większych zakładów pracy w Gostyniu przed wkroczeniem sowietów. Nocą z 21 na 22 stycznia 1945 doszło do eksplozji zgromadzonych w szkole materiałów wybuchowych. W jej wyniku zginęło dwustu Niemców i powstał pożar. Przyczyn wybuchu nigdy nie wyjaśniono.
Mimo że budynek został całkowicie zrujnowany, do rozpoczęcia pierwszego roku szkolnego w Miejskim Gimnazjum i Liceum Koedukacyjnym Ziemi Gostyńskiej doszło 24 kwietnia 1945. Obiekt odbudowano w latach 1945–1946 dzięki środkom finansowym społeczeństwa Ziemi Gostyńskiej. Prace ukończono w wakacje letnie 1946. 1 września 1947 gimnazjum znacjonalizowano oraz nadano mu nową nazwę: Państwowe Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcące w Gostyniu Poznańskim. W 1948 powołano jedenastoletnią szkołę stopnia podstawowego oraz licealnego i ponownie zmieniono nazwę na Państwową Jedenastoletnią Szkołę Ogólnokształcącą Stopnia Podstawowego i Licealnego w Gostyniu Poznańskim. W 1962 odbudowano gabinet fizyczny, biologiczny oraz jedną klasę. W 1964 odnowiono elewacje zewnętrzne, a w latach 1968–1969 wyremontowano również wnętrza. Z początkiem roku szkolnego 1965–1966 zlikwidowano szkołę podstawową.