Już wtedy, w pierwszym okresie istnienia Koła na przełomie wieków można dopatrzyć się przejawów działalności charakterystycznych dla dziś.
Stowarzyszenie istniało prawie nieprzerwanie aż do dzisiaj - było zmuszone zawiesić swoją działalność w latach 1939–1945, 1950–1957 oraz w czasie stanu wojennego. Wśród prezesów tej korporacji znaleźć można tak wybitnych historyków jak Wacław Sobieski, Stanisław Kutrzeba, Oskar Halecki, Józef Feldman, Kazimierz Piwarski i in.
Koło zawsze aktywne, choć programowo apolityczne, wierne było swym wolnościowym przekonaniom. Wydarzenia roku 1980 przyniosły kołom na UJ zerwanie zależności od Socjalistycznego Związku Studentów Polskich. Rozpoczął się proces tworzenia niezależnej Rady Kół Naukowych (RKN) pod patronatem JM Rektora UJ. Wielki wkład w pracach nad jej zawiązaniem wnieśli członkowie Koła Historyków. Wielu spośród nich sprawowało funkcję przewodniczącego RKN. Ze środowiska krakowskiego wyszła także inicjatywa powołania ogólnopolskiego stowarzyszenia wszystkich studenckich kół historycznych.