W XV-XVI wieś należała do Zarembów z Kalinowy, następnie do Mniszków, Leszczyńskich. W 1726 wojewodzina Barbara Leszczyńska z Brzostowskich ufundowała murowany kościół. Od 1774 miejscowość była własnością szlacheckiej rodziny Strzemieńczyków-Brzostowskich, którzy postawili tu w XVII w. staropolski dwór modrzewiowy (zniszczony jeszcze przed I wojną światową). Adam Brzostowski w XVIII w. osadził w Czarnożyłach Litwinów ze Żmudzi. Brzostowscy zasłynęli w okolicy z utworzenia już w XVIII w. szkoły, do której obowiązkowo uczęszczały dzieci chłopskie. Po Brzostowskich Czarnożyły przeszły (po kądzieli) do Załuskich (Helena Brzostowska została żoną Michała Załuskiego, zmarła w 1892.
Miejscowość jako Czarnożyły, wieś o milę od Wielunia, nad szosą do Sieradza, leżącą w powiecie wieluńskim, w gminie Wydrzyn wymienia XIX-wieczny Słownik geograficzny Królestwa Polskiego. W 1827 we wsi znajdowało się 120 domów zamieszkanych przez 674 mieszkańców. W 1880 w miejscowości znajdowało się 80 domów, w większości murowanych, zamieszkanych przez 760 mieszkańców. We wsi funkcjonowała szkoła, a także urząd wójta gminy Wydrzyn. Miejscowość liczyła 119 mórg powierzchni, do której przynależało 657 mórg gruntu rolnego i użytkowego.