Kaplica św. Piotra Kaplicę ufundował biskup Giacomo Valguarneri, który był biskupem Malty w latach 1495–1501. W 1555 biskup zostawił opis kaplicy, w którym stwierdził, iż była ona dobrze utrzymana i niczego w niej nie brakowało, a także znajdowało się tam wiele złotych i srebrnych przedmiotów, haftowane szaty sakralne z jedwabiu i aksamitu, oraz mszały pokryte skórą. Zawierała także wiele obrazów, w tym dzieła Salvo d’Antonio, obecnie w Muzeum Katedralnym. W 1575 kaplicę odwiedził prałat Pietro Dusina, wizytator apostolski. W 1625 kaplica została przebudowana dzięki hojności biskupa Baldassare Cagliaresa.
Wygląd zewnętrzny Kaplica w obecnym kształcie została zbudowana w 1625, głównie przy pomocy biskupa Baldassere Cagliaresa. Przypuszcza się, że jej architektem był Tommaso Dingli. thumb|left|220px|Fasada kaplicy św. Piotra Fasada kaplicy stanowi część muru klasztoru. Dwa wysokie pilastry porządku toskańskiego podtrzymują belkowanie, z którego wznosi się wysoki mur zakrywający część klasztoru. Pośrodku tych pilastrów znajdują się dwie nisze z posągami św. Piotra i św. Benedykta. Drzwi w stylu renesansowym, zaokrąglone, z wąskimi pilastrami w stylu toskańskim po bokach, podnoszącymi belkowanie, na którym znajduje się podzielony trójkątny fronton.