Fotografowania uczył się od Tomasza Tomaszewskiego. Za album fotograficzny Pod słońce, w którym umieścił swoje zdjęcia z podróży po Zanzibarze, Etiopii, Kenii, Sudanie i afrykańskich pustyniach, otrzymał w 2000 nagrodę Arkadego Fiedlera. Relacje z 10 lat podróży po Afryce opublikował również w książce pt. Chwila przed zmierzchem. W 2000 jego 30-stronnicowy reportaż z podróży do Afryki został opublikowany w międzynarodowym wydaniu „National Geographic”, a okładkę gazety zdobiło jedno ze zdjęć Kydryńskiego.
31 stycznia 1998 poślubił piosenkarkę Annę Marię Jopek, z którą ma dwóch synów: Franciszka (ur. 1998) i Stanisława (ur. 2000).
Nagrody i odznaczenia We wrześniu 2008 Prezydent Portugalii odznaczył go Orderem Zasługi IV Klasy. 25 kwietnia 2014, podczas oficjalnej inauguracji czwartej edycji Siesta Festival, Prezydent Miasta Gdańska Paweł Adamowicz wręczył Marcinowi Kydryńskiemu – świętującemu wówczas 25-lecie pracy w Programie III Polskiego Radia – Nagrodę Prezydenta Miasta Gdańska w Dziedzinie Kultury „z okazji 25-lecia obecności na antenie radiowej Trójki, a w szczególności za Siesta Festival”.