5 czerwca 1944 roku zaraz po mszy, będąc jeszcze w kościele, został aresztowany i bezpośrednio przewieziony przez gestapo do więzienia w Wuppertalu. Nawet list biskupa nie zmienił niczego w sprawie zatrzymania. W związku z aresztowaniami w związku z zamachem na Hitlera 20 lipca 1944 roku Boehm został przeniesiony do bloku księży obozu koncentracyjnego. 11 sierpnia 1944 roku został przewieziony jednoosobowym transportem do Dachau, gdyż widocznie wzięto go za prawnika i ekonomistę z Mannheim Franza Böhma. Prawnik należał do fryburskich kół niemieckiego ruchu oporu wobec nazizmu.Franz Böhm – jako jeden z ojców społecznej gospodarki rynkowej uciekł przed Gestapo. Tabula Rasa Magazin z dnia 1 marca 2015 r. Proboszcz zmarł w obozie koncentracyjnym 13 lutego 1945 roku w wyniku choroby spowodowanej pobytem w więzieniu. Po jego gwałtownej śmierci ciało poddano kremacji. Prochy wrzucono do pobliskiej rzeki lub rozsypywano na polu.
Miejsce pamięci w diecezji toruńskiej Franz Boehm został ochrzczony 31 października 1880 roku w kościele św. Marcina w Boleszynie. 15 września 2015 roku biskup toruński Andrzej Suski dokonał uroczystego otwarcia miejsca pamięci w kościele.