mały|Dawna pieczęć miasta Zalewo W roku 1410 i 1414 Zalewo zajęte było przez wojska Władysława Jagiełły. Przed wojną trzynastoletnią (1454–1466) miasto odmówiło wierności Zakonowi. W wyniku postanowień pokoju toruńskiego, pozostało podobnie jak całe Prusy Górne w granicach państwa zakonnego (od 1525 Prus Książęcych), lecz pod zwierzchnictwem Korony Polskiej jako lenno.
Nowożytność W latach 1525–1752 miasto było stolicą okręgu górnopruskiego (niem. Hauptort des Oberlāndisches Kreises), jednego z trzech okręgów administracyjnych Prus Książęcych, natomiast w latach 1587–1751 stanowiło także siedzibę konsystorza dla Pomezanii. Od 1554 istniał tu polski kościół, a nabożeństwa po polsku odprawiano do 1770Jan Bałdowski „Warmia i Mazury, mały przewodnik” Wydawnictwo Sport i Turystyka Warszawa 1977 s. 224..
Zalewo zniszczone zostało w czasie wojen szwedzkich (XVII wiek). Duże zniszczenia wniknęły na skutek pożaru w 1688, znacznie uszkodzony został także ratusz. Z kolei w roku 1710 w mieście wybuchła epidemia dżumy, z której ocalało zaledwie 7 rodzin. Miasto utraciło wówczas na znaczeniu. W wyniku reformy Fryderyka II w 1752 znalazło się w nowo utworzonym powiecie Morąg, w starostwie Przezmark.