Budowa istniejącej dzisiaj kaplicy została ukończona w 1669, jak głosi marmurowa tablica pamiątkowa na ścianie obok drzwi. Prokuratorem, który zadbał o jej odbudowę był Giovanni Andrea Zammit. thumb|left|200px|Od lewej: kościół św. Bazylego, kaplica św. Michała Archanioła oraz Madonna z duszami czyśćcowymi. Niewidoczna, po lewej stara zakrystia. Przez wiele lat XX wieku budynek kaplicy był magazynem starych mebli, wśród których znajdowały się również cenne zabytki, np. ambona z 1897.
W 2007 Sekcja Restauracji Ministerstwa Infrastruktury przeprowadziła szeroko zakrojone prace restauratorskie w tej kaplicy, a także w sąsiednim kościele San Basilio oraz starej zakrystii, które razem tworzą historyczny kompleks w starym sercu wioski Mqabba. Prace renowacyjne obejmowały naprawę dachu w celu zabezpieczenia przed przedostawaniem się wody, oczyszczenie elewacji oraz wnętrza świątyń. Usunięto także pokrycie z kilku ścian, aby odsłonić oryginalne ściany. Renowacji poddano także niszę Madonny z duszami czyśćcowymi, otwory okienne i drzwiowe oraz bramę ogrodzenia otaczającego kompleks. Wykonano też odpowiednie oświetlenie zewnętrzne i wewnętrzne.
Architektura