Wyciąg z gorczycy podaje się przy chorobach przewodu pokarmowego, takich jak przewlekłe stany zapalne żołądka i jelit, zaburzenia trawienia, zaparcia, choroba wrzodowa żołądka i dwunastnicy. Zewnętrznie zalecane są przy zapaleniu migdałków i gardła (do płukania). Olejek lotny tej rośliny jest podstawowym surowcem farmakologicznym. Służy do sporządzania plastrów łagodzących bóle reumatyczne i przeziębienia. Olejek gorczyczny ma różnorodne działanie, m.in. pobudza wydzielanie soku trzustkowego i żołądkowego. Działa żółciopędnie, ułatwiając trawienie pokarmów. Ma również właściwości antybakteryjne oraz obniża ciśnienie krwi. Substancja stosowana jest również do produkcji wyciągów oraz maści. Nasiona gorczyc zawierają znaczne ilości olejku tłustego (od 18 do 40%) i surowiec ten służy też do wydobywania z niego oleju technicznego i jadalnego. Nasiona czarnej gorczycy, spożyte w większych dawkach, mogą uszkodzić nerki i drogi moczowe powodując krwiomocz i białkomocz, a u kobiet silne przekrwienie macicy, zaś w przypadku ciąży nawet poronienie, w końcu porażenie ośrodkowego układu nerwowego. W lecznictwie ludowym wykorzystuje się rzekome promieniowanie wywołane przez nasiona gorczycy i stosuje zewnętrznie przy bólach reumatycznych (w postaci poduszek gorczycowych wypełnionych nasionami).