W prezbiterium umieszczono katedrę biskupią oraz stalle kanonickie i ambonę. W transepcie urządzono ołtarze: Najświętszego Sakramentu z nastawą ze srebra (obecnie Chrystusa Króla) i Matki Bożej Częstochowskiej. Postawiono balustradę ze szlachetnego marmuru szwedzkiego, założono witraże w rozecie nad organami, projektu Adama Bunscha. thumb|Witraż w transepcie Od roku 1958 powstawały małokwaterowe witraże w nawach bocznych według projektu Tadeusza Wojciechowskiego, wzorowane na witrażach średniowiecza. Ich tematem są sakramenty święte. W tym samym czasie urządzono kaplicę Chrztu Pańskiego (obecnie Miłosierdzia Bożego).
Na ołtarzu głównym zostało ustawione spiżowe tabernakulum z podobizną Chrystusa w Majestacie, utrzymane w duchu stylu romańskiego. Kropielnice projektu Stanisława Pospieszalskiego wykonano z granitu pochodzącego z cokołu cara Aleksandra II, który został zburzony w 1917 roku. Balustrady komunijne powstały w II połowie lat pięćdziesiątych, z czerwonego granitu fińskiego i piaskowca. Wnętrza ich wypełniają maswerki z podobiznami aniołów, sceną Zwiastowania i Ukrzyżowania. Granitowo-marmurowa ambona projektu Pospieszalskiego (z symbolicznymi wyobrażeniami czterech Ewangelistów) poświęcona została w roku 1958.