W ten sposób Nyon znalazł się na ponad 60 lat w rękach przedstawicieli bocznej gałęzi rodu hrabiów sabaudzkich. Często rezydowali oni w tutejszym zamku (w którym funkcjonowała wówczas również mennica) i poświęcali wiele uwagi samemu miastu. W 1359 Nyon został połączony z innymi posiadłościami domu sabaudzkiego. Był na owe czasy stosunkowo dużym miastem – w 1416 liczył ok. 600 mieszkańców.
W 1536 Nyon, jak cały Pays de Vaud, dostał się pod zwierzchnictwo Berna. Berneńczycy przynieśli tu reformację. W wyniku rewolucji z 1798 Nyon wszedł w 1803 wraz z całym Pays de Vaud (jako kanton Vaud) w skład konfederacji szwajcarskiej. W XIX w. miasto rozrasta się i rozwija. W miejsce dawnych manufaktur (np. istniejąca w latach 1781–1813 słynna manufaktura porcelany i fajansu) rozwija się drobny przemysł fabryczny (m.in. fabryki zapałek i makaronów). Od 1825 r. do portu w Nyon zaczynają zawijać regularnie statki parowe żeglugi genewskiej. W 1858 r. otwarta zostaje linia kolejowa z Lozanny do Genewy, przebiegająca przez Nyon. W 1865 r. zaczyna działać gazownia miejska, która umożliwia m.in. wprowadzenie gazowego oświetlenia ulic. Dwadzieścia lat później, w 1885 r. w mieście zainstalowano pierwsze telefony. Od 1906 r. rozpoczyna się elektryfikacja miasta. Towarzyszy temu jego rozwój kulturalny: m.in. w 1860 r.