Po zajęciu Groznego przez rosyjską armię wycofał się w góry i został dowódcą frontu południowo-zachodniego. Z Czeczenii wyjechał, gdy został ciężko ranny. Był leczony w Gruzji, a następnie w tureckim Stambule. Od 2009 roku mieszkał w Danii, gdzie razem z rodziną otrzymał azyl polityczny i obywatelstwo. W tym czasie założył organizację „Wolny Kaukaz”.

Po Euromajdanie i rewolucji na Ukrainie ruch „Wolny Kaukaz” wsparł nowe władze w Kijowie. W marcu 2014 roku został utworzony batalion im. Dżochara Dudajewa, na którego czele stanął Isa Munajew.

4 grudnia 2014 roku w Groznym doszło do przeprowadzonego przez bojowników Emiratu Kaukaskiego. Przywódca Republiki Czeczenii, Ramzan Kadyrow zarządził zatrzymanie i przekazanie do Czeczenii trzech posłów Rady Najwyższej Ukrainy, którzy poparli atak, Jurija Berezę, i . Kadyrow nakazał sprowadzić do Czeczenii także Isę Munajewa, którego nazwał przestępcą.

1 lutego 2015 roku dowódca Batalionu „Donbas”, Semen Semenczenko, podał informację o śmierci Munajewa w bitwie o Debalcewo. Przeciwny Munajewowi Ramzan Kadyrow napisał, że jego zabójstwo zostało zorganizowane przez Aminę Okujewą i Adama Osmajewa na zlecenie Służby Bezpieczeństwa Ukrainy oraz Centralnej Agencji Wywiadowczej Stanów Zjednoczonych.