Do dalszej produkcji brakowało maszyn, materiałów i pracowników – koniec wojny przekreślił wszelkie plany produkcji śmigłowca.
Służba Trzy sprawne śmigłowce Fa 223E-0 weszły w skład jedynej jednostki śmigłowcowej Luftwaffe – 40 Eskadry Transportowej (Transportstaffel 40). Od początku 1945 roku bazowała ona w Mühldorfie w Bawarii. W kwietniu 1945, została ona przebazowana do Aigen w Styrii. Miała być ona częścią tzw. twierdzy alpejskiej (Alpenfestung). Tam jednostkę zastał koniec wojny.
Pierwszy egzemplarz zbudowany w Berlinie-Tempelhof, został na specjalny rozkaz Hitlera skierowany do Gdańska (lotnisko Pruszcz Gdański). Cel lotu nie jest do końca znany. Wyprawa trwała od 26 lutego 1945 do 9 marca 1945. Śmigłowiec wykonał w tym czasie m.in. misję ratowniczą. Uratował pilota Messerschmitta Bf 109, który lądował przymusowo w burzy śnieżnej. Maszyna przebyła 1675 km w czasie 16 godzin i 25 minut.
Warianty Śmigłowce Fa 223 miały być produkowane w pięciu wersjach: Fa 223A - dla marynarki wojennej do zwalczania okrętów podwodnych.