Pobyt na stacji Shepherd, Gidzenko i Krikalow mieli przygotować stację do rozpoczęcia w połowie stycznia 2001 roku eksperymentów i przyjęcia kolejnych załóg. Stacja bowiem stanowiła wielkie składowisko zapasów i instrumentów naukowych, które musiało być rozpakowane, zainstalowane i przetestowane. Nie wszystkie systemy stacji były uruchomione. Astronauci rozpoczęli swoją misję od otwarcia głównego luku i zapalenia świateł, półtorej godziny po tym, gdy Sojuz TM-31 dotarł do celu. Kolejne godziny spędzili, instalując prowizoryczną kuchnię, a także uruchamiając system dostarczający i oczyszczający wodę. Nawiązali kontakt z centrum lotów kosmicznych na Ziemi. Jednym z najważniejszych zadań pierwszej załogi było uruchomienie urządzeń produkujących tlen i usuwających z powietrza szkodliwy ditlenek węgla. Wszystkie te systemy mogły być kontrolowane z dowolnego miejsca na stacji przez sieć laptopów. Załoga uruchomiła też pokładowe centrum medyczne i zainstalowała urządzenia do codziennych intensywnych ćwiczeń, które astronauci muszą wykonywać, by nie dopuścić do zaniku tkanki mięśniowej i obniżania stężenia wapnia w kościach, co następuje bardzo szybko w stanie nieważkości.