Choć większość Indian zabito w kilkanaście minut, to strzelanina – z różnym nasileniem – trwała jeszcze kilka godzin, a żołnierze ostrzeliwali uciekinierów kryjących się w pobliskim wąwozie. Odgłosy strzałów przyciągnęły nad Wounded Knee Indian z okolic agencji Pine Ridge, ale – nieliczni i słabo uzbrojeni – nie byli w stanie zmienić rozmiarów klęski. Gdy po południu słaby opór Lakotów ustał, część rannych – najpierw żołnierzy, a następnie Indian – przewieziono na wozach do oddalonej o 18 mil agencji Pine Ridge. Wśród rannych Indian umieszczonych w misyjnym kościele było tylko 4 mężczyzn oraz 49 kobiet i dzieci. Resztę ofiar pozostawiono na łaskę nadciągającej śnieżycy.
Dopiero po trzech dniach, 1 stycznia, do miejsca rzezi dotarła z agencji Pine Ridge ekspedycja pogrzebowa z doktorem Eastmanem (niektóre źródła – w tym sam Eastman – podają różne daty, od 31 grudnia do 3 stycznia). Na polu walki zastano spalone namioty, zamarznięte zwłoki i kilkoro wciąż żywych Indian, w tym czwórkę dzieci. Chociaż wśród członków ekspedycji biali stanowili mniejszość, to zdaniem części Lakotów niektóre ciała zbezczeszczono wówczas i rozebrano, zabierając koszule ducha i inne wartościowe przedmioty na pamiątkę.