Dokonano wówczas następujących modyfikacji: ZSRR zgodził się na odstąpienie Niemcom Lubelszczyzny oraz wschodniej części Mazowsza w zamian za zgodę Niemiec na oddanie Litwy do sowieckiej strefy wpływów. Wkrótce (10 października) Wileńszczyzna została przekazana Litwie w zamian za zgodę na stacjonowanie garnizonów radzieckich na jej terytorium. Podobne układy wymuszono 29 września i 5 października na Estonii i Łotwie.
4 października 1939 utworzono radziecko-niemiecką centralną komisję graniczną dla wyznaczenia granic między państwowymi interesami ZSRR i Niemiec (10 października w Moskwie rozpoczęła prace). Wojska Pograniczne NKWD otrzymały rozkaz wzięcia pod ochronę granicy państwowej (linii demarkacyjnej) 8 października 1939.
Gospodarcze ustalenia paktu Porozumienia militarne i polityczne stały się także podstawą do nawiązania ścisłej współpracy gospodarczej między oboma krajami. Podczas pobytu w Berlinie delegacji radzieckiej, 19 sierpnia, czyli jeszcze przed zawarciem paktu Ribbentrop-Mołotow obie strony podpisały radziecko-niemiecką umowę handlową (1939), którą przedłużono w roku 1940 kolejną radziecko-niemiecką umową handlową (1940).