Pasożytnictwo nie zawsze jest oczywiste. Np. apotecja grzybów z rodzajów Lamprospora, Neottiellia, Octospora i Octosporella czasami pojawiają się na mchach, ale najczęściej na glebie w pobliżu mszaków. W rzeczywistości pasożytują one na mszakach poprzez niewidoczne gołym okiem chwytniki znajdujące się w glebie. Liczne inne gatunki grzybów żyją w towarzystwie mchów nie będąc ich pasożytami, ustalenie pasożytnictwa jest więc trudne, wymaga bowiem żmudnego, mikroskopowego badania podziemnych części mchów.
Saprotrofizm Niektóre grzyby mszakolubne wykorzystują substancje pokarmowe mszaków rozkładając ich martwe ciała. Należy do nich np. hełmówka jasnotrzonowa (Galerina stordalii). Ściany komórkowe mchów są trudne do rozłożenia, gdyż zawierają duże ilości polifenolowych, ligninopodobnych substancji, które są nie tylko nieprzyswajalne, ale wręcz toksyczne dla większości mikroorganizmów. Jednak niektóre grzyby potrafią to robić, w związku z tym odgrywają istotną rolę w rozkładzie obumarłych mszaków. Wykorzystują do tego takie enzymy jak amylazy, celulazy i polifenolooksydazy. Badania wykazały, że poszczególne gatunki grzybów wytwarzają tylko niektóre z tych enzymów, pełny rozkład ścian komórkowych mchów wymaga udziału kilku gatunków grzybów.