Heitor Lobo – organmistrz mieszkający w Évorze do 1553 – rozpoczął budowę instrumentu w 1544. W 1562 organy zostały zainstalowane w wykonanej z litego dębowego drewna szafie, na specjalnie w tym celu skonstruowanym balkonie. Pierwotnie instrument miał 39-klawiszowy manuał o skali FGA–a. W 1678 organy były remontowane przez organmistrza Miguela Diasa i wtedy, lub w 2. połowie XVIII wieku, kiedy organmistrz Pascoal Caetano Oldovini instalował drugie organy w prezbiterium katedry, dodano do starego instrumentu nową wiatrownicę i rozszerzono klawiaturę do C. Około 1800 nieznany organmistrz dodał dwa głosy języczkowe: trąbki hiszpańskie Corneta oraz Trompeta. Organy miały wówczas około 900 piszczałek, w większości wykonanych z metalu, z czterema niewykorzystywanymi do gry otwartymi piszczałkami drewnianymi, należącymi pierwotnie prawdopodobnie do klawiatury nożnej. Dzięki budowie nowych organów w katedrze stary renesansowy instrument uniknął, typowych dla wieków późniejszych, zmian dyspozycji i rozbudowy.