Na drugiej wystawie, odbywającej się w tym samym miejscu co pierwsza, odwiedzjący mogli podziwiać jedynie płaskorzeźby z lewego skrzydła ze scenami Śmierć Marii i Legendy św. Teofila z Adany. Pomiędzy obydwoma wystawami części nastawy zostały poddane zabiegom konserwatorskim przeprowadzonym przez Eduarda Kneisla, a następnie przygotowane do wywiezienia z Krakowa w częściach. Parę skrzydeł (prawdopodobnie wewnętrznych) pozbawionych płaskorzeźb zdeponowano razem z dekoracjami snycerskimi zdobiącymi kwatery z reliefami w składnicy muzealnej na Wawelu. Po wojnie, w 1948 r. trzy spośród pięciu płaskorzeźb odzyskano. Zostały przywiezione z Muzeum Narodowego w Warszawie. Nie wiadomo natomiast gdzie i w jakim stanie przechowywano malowane skrzydła zewnętrzne przed ich rewindykacją.
Po rewindykacji, w latach 1947-1948 skrzydła poliptyku ponownie poddano konserwacji. Przeprowadził ja wówczas Mieczysław Gąsecki. Wspomniane elementy snycerskie odnaleziono w 1963 r. a zamontowano je w kwaterach dopiero w 1975 r. W Muzeum Narodowym w Krakowie zachowały się także pinakle pochodzące z szafy poliptyku. Odzyskane, zakonserwowane i uzupełnione skrzydła retabulum były eksponowane na dwóch wystawach - Polska sztuka cechowa od XIV do XVIII w. w Muzeum Narodowym w Krakowie i Sztuka cenniejsza niż złoto na Wawelu.