Podczas wielkiej czystki awansowany do dowódcy Leningradzkiego Okręgu Wojskowego (1937–1938), by przeprowadzić w nim czystki, których w końcu sam padł ofiarą. Zwolniony z wojska, mianowany zastępcą ludowego komisarza przemysłu leśnego ZSRR (1938), po czym aresztowany, skazany na śmierć i stracony.
Życiorys Życie i działalność do 1917 Pochodził z ubogiej rodziny chłopskiej pochodzenia ukraińskiego. Nie ukończył nauki w szkole średniej. Do momentu powołania do wojska i wcielenia do Floty Bałtyckiej w 1912 r. pracował jako doker..
Według niektórych źródeł od 1912 r. działał w partii bolszewickiej, jednak kwestia ta nie jest całkowicie jasna – być może Dybienko był jedynie sympatykiem rosyjskich socjaldemokratów, bez opowiadania się po stronie bolszewików lub mienszewików. Według Pawła Wieczorkiewicza nie prowadził żadnej działalności, tylko raz wziął udział w partyjnym zebraniu.. Do 1915 r. służył na okręcie liniowym Imperator Paweł I. Według oficjalnej biografii został skazany za organizację buntu na okręcie, w rzeczywistości jednak nie był jego organizatorem. Po sześciu miesiącach pobytu w więzieniu został zwolniony i skierowany na front do służby w piechocie.