Przetrzymywano go i przesłuchiwano przez kilka dni, ale nie znaleziono dowodów na jego konspiracyjną działalność.
W obawie przed kolejnym aresztowaniem przeprowadził się do Czernichowa, na zachód od Krakowa, gdzie dowodził oddziałem Armii Krajowej już do końca wojny. Nadal prowadził działania wywiadowcze w ramach AK.
Od września 1945 r. należał do organizacji „Wolność i Niezawisłość” (WiN). Nadal zajmował się wywiadem na terenie powiatu myślenickiego. W lutym 1946 r. pełnił funkcję szefa łączności zewnętrznej Batalionów Wywiadowczych Obszaru Południowego WiN. Zorganizował drogę łączności między ambasadą Wielkiej Brytanii w Polsce a WiN. W marcu 1946 r. przesłał materiały wywiadowcze rządowi polskiemu w LondynieZ. Kalinowski, Bohaterowie wyklęci na ziemi myślenickiej 1945-1956, Myślenice 2013..
Został aresztowany w sierpniu 1946 r. w Krakowie. 10 września 1947 r. był sądzony w wielkim procesie pokazowym członków WiN, tzw. „procesie krakowskim”. Został skazany na 10-letnie więzienie. Z więzienia został zwolniony na mocy amnestii w 1956 r.W. Ralska, Wspomnienia procesu II zarządu głównego WiN, Biuletyn Instytutu Pamięci Narodowej, nr 1-2 (84-85) styczeń-luty 2008, s. 155–159.W. Frazik, F. Musiał, Proces krakowski, Zeszyty Historyczne WiN-u.