Duszek pokonuje sowę, która odlatuje do Milczącego Lasu, aby umrzeć obok skamieniałych zwłok swoich rodziców.
Ori podchodzi do Seira i przyjmuje jego światło, lecząc Niwen i ożywiając Ku, naprawiając jej uszkodzone skrzydło na oczach Naru i Gumo, którzy wyruszyli do Niwen w poszukiwaniu ich adoptowanych dzieci. Wszyscy trzej udają się do miejsca połączenia Oriego z Seirem, gdzie znajdują sadzonkę nowego opiekuńczego drzewa. Razem pomagają mu rozkwitać, a nowe Drzewo, które było narratorem gry, ujawnia, że tak naprawdę było Orim cały czas.
Rozgrywka Akcja Ori and the Will of the Wisps rozgrywa się w dwuipółwymiarowym świecie, który jest podzielony na 14 scenerii, w tym prolog. W sumie rozmiar świata gry jest trzykrotnie większy niż świat z Ori and the Blind Forest. Aby dostać się do niektórych lokacji, należy nauczyć się konkretnej umiejętności albo zebrać odpowiednią ilość Ogników. Po drodze gracz musi rozwiązywać zarówno zręcznościowe, jak i logiczne łamigłówki, jednak jest ich mniej niż w poprzedniej części. Zamiast tego w grze pojawiły się misje poboczne, które wymagają np. przeniesienie przesyłki.