Doktorem habilitowanym została w 2008 na podstawie dorobku naukowego i monografii Wpływ selenu i chitozanu na przebieg doświadczalnej toksokarozy u myszy. W 2014 otrzymała tytuł naukowy profesora nauk rolniczychBogumiła Pilarczyk – nominacja profesorska. „Forum Uczelniane. Pismo Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie”, 2014, 4(24), s. 9. i została zatrudniona na stanowisku profesora nadzwyczajnego. Od 2018 pracuje na stanowisku profesora.
Udział w organizacji nauki Bogumiła Pilarczyk w latach 2002–2008 była członkiem Senatu Akademii Rolniczej w Szczecinie, a od 2009 jest członkiem Senatu Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie. W latach 2008–2016 pełniła funkcję Prodziekana Wydziału Biotechnologii i Hodowli Zwierząt. Aktywnie uczestniczy w pracy wielu komisjach senackich, uczelnianych i wydziałowych, a także w licznych zespołach. Współorganizowała kilkanaście zjazdów, sympozjów i konferencji naukowych i dydaktycznych.
Od 2018 nieprzerwanie jest wybranym członkiem Komitetu Nauk Zootechnicznych i Akwakultury PANKomitet Nauk Zootechnicznych Polskiej Akademii Nauk. Skład (dostęp 11.12.2023). Jest przewodniczącą Komisji Dobrostanu Zwierząt i Jakości Produktów tego KomitetuKomitet Nauk Zootechnicznych Polskiej Akademii Nauk.